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Diagnóstico de clusters de microcalcificaciones en Mamografías PDF
Escrito por Ramón Gallardo Caballero   
Índice
Diagnóstico de clusters de microcalcificaciones en Mamografías
Nuestra propuesta
Metodología empleada
Implementación práctica
Resultados
Futuros desarrollos

Implementación práctica 

Como puede deducirse del contenido anterior, el sistema que utilizamos es muy completo y algo complejo. En este apartado describimos en profundidad los elementos que lo componen y sus particularidades.

Servidor DDSM

La base de datos que proporciona el Island Vision Group está accesible mediante FTP, por lo que realizamos un volcado de esta sobre un servidor montado al efecto con una capacidad de almacenamiento de 290 gigabytes de los cuales 240 están dedicados exclusivamente a almacenar los archivos de imagen y de configuración que constituyen la base de datos.

Base de datos PostgreSQL

Como ya se ha mencionado, la base de datos DDSM proporciona la información de cada uno de los casos en formato archivo. Este formato no es el más adecuado para trabajar de forma intensiva con ellos como es nuestro caso, por lo que decidimos integrar toda esta información en un servidor de bases de datos SQL que corre en uno de nuestros servidores Linux.

Al mismo tiempo este motor de base de datos nos sirve para almacenar la información resultante de las distintas fases del proyecto, por lo que disponemos de forma centralizada de todos los datos que podemos necesitar tanto de entrada como de salida.

Infraestructura de cálculo

Algunas fases del proyecto requieren gran capacidad de cálculo y almacenamiento volátil (memoria). Afortunadamente nuestro grupo de investigación dispone de varios servidores de cálculo multiprocesador con importantes cantidades de memoria que nos han permitido llevar a cabo el proyecto y sin los cuales hubiese sido imposible plantearse afrontarlo.

Entre ellos podemos destacar un servidor Opteron biprocesador con 16 Gigabytes de memoria RAM, otro servidor Athlon64 monoprocesador con 4 Gigabytes de memoria y varios servidores biprocesador de 32 bits que sustentan la base de datos y el sistema de ficheros y copia de seguridad.

Mención aparte merece el recurso de cálculo más importante del que disponemos, un clúster tipo Beowulf con 45 nodos AthlonXP-2000 cada uno de ellos con 512Megabytes de memoria física donde se realizan todas las operaciones de cálculo masivo. Este elemento nos permite reducir de forma dramática los tiempos de cálculo, dado que permite reducir de 40 a 45 veces el tiempo necesario para completar una batería de pruebas determinada.

La interfaz de gestión: MAMOPROT

Todo trabajo serio con imágenes requiere la creación de una herramienta que permita visualizar éstas y realizar operaciones de marcado y corrección. La herramienta que hemos desarrollado en nuestro caso se denomina Mamoprot y nos ha permitido solventar distintos problemas surgidos en las diferentes etapas de desarrollo de este proyecto.

Mamoprot es una aplicación modular escrita en C++ y desarrollada con la librería de widgets QT que corre en entorno Linux. Está completamente integrada con el servidor de base de datos relacional que gestiona el proyecto. Permite múltiples operaciones, de forma que además de las operaciones básicas de visualización (ajuste de contraste, brillo, filtrado, etc.); trabajando sobre overlays permite visualizarlos y marcar prototipos sobre ellos, visualizar o realizar el diagnóstico de un overlay con una configuración especificada, observar la descomposición ICA de éste y recomponerlo en base a algunas componentes, etc. Este primer módulo es el que se utilizó con los expertos a la hora de establecer los prototipos iniciales del sistema.

Trabajando sobre mamogramas permite además de visualizarlos con las distintas zonas de interés marcadas por los expertos; obtener el diagnóstico del mamograma completo visualizando las regiones de interés generadas por el sistema de diagnóstico especificado, insertar nuevos overlays en el sistema a partir del mamograma visualizado.

Y finalmente, permite añadir nuevas configuraciones de diagnóstico de forma sencilla seleccionando las distintas características del sistema a insertar. Todos estos puntos hacen del mamoprot uno de los pilares de este proyecto. En la siguiente figura puede observarse un ejemplo de utilización del programa en la tarea de visualización del resultado de diagnóstico de un mamograma completo. Donde los rectángulos discontinuos en azul marcan overlays auxiliares no malignos, el rectángulo discontinuo en rojo marca el overlay maligno definido en la base de datos DDSM, el rectángulo en verde marca el overlay correctamente generado por nuestro sistema de diagnóstico y el overlay de borde continuo en azul marca un falso positivo que ha generado el sistema. Puede hacer click en la imagen para observarla con mayor detalle.

 

Mamoprot con un mamograma

 



Última modificación ( jueves, 25 de noviembre de 2010 )